密勒日巴降生於貢塘富貴人家，父親名為密勒謝惹嘉誠（慧幢)，母親娘匝嘎堅（白莊嚴）。妹妹琵達，密勒日巴名叫聞喜。七歲時父親病故，臨終當眾宣讀遺囑：「財產由長子密勒日巴繼承。母子三人託孤於伯父姑母照料。聞喜成人，迎娶訂妥婚事的結賽姑娘，屆時財產由聞喜繼承管理。」伯父姑母竟然霸佔所有家產，刻薄虐待母親、密勒日巴和妹妹。酷暑烈日下耕田，嚴冬織羊毛，吃比狗食惡劣，做牛馬苦活，衣衫襤褸，過勞而手腳破裂淌血，瘦骨如柴。
母親無法忍受奴隸生活，以自殺威脅命令密勒日巴學習誅法、咒術、降雹法，報復伯父姑母，最後誅殺其家族三十五人，又降雹毀滅村子即將豐收的麥田莊稼。 密勒日巴懊悔造此罪惡，日夜難安。聽聞瑪爾巴大譯師之名，無盡歡喜，汗毛直豎，淚如潮湧，生起無量信心。三十七嵗時，密勒日巴前往尋找瑪爾巴。抵達的前一晚，瑪爾巴出現微妙夢境：
那諾巴降臨灌頂。賜給瑪爾巴五股琉璃金剛杵，杵尖略沾塵垢；又賜給一個盛滿甘露的金寶瓶，說道：「你以寶瓶甘露，洗淨金剛杵塵垢；將金剛杵高懸於法幢，上令諸佛歡喜，下令眾生獲益，如是成就自他二種事業。」語畢消失。馬爾巴照辦，金剛杵頓時大放光明，普照三千大千世界六道有情，消除一切憂悲苦惱。眾生歡喜踴躍，向瑪爾巴與大法幢頂禮，恒河沙數諸佛為此大法幢開光。
於是，瑪爾巴喬裝農夫耕田，等候密勒日巴。初相見的特殊日子，密勒日巴協助這位「農夫」耕完田，喝光他的酒，成就殊勝緣起。為了清淨密勒日巴惡業，瑪爾巴命令密勒日巴蓋房子，獨自揹負大石土木從山下到山上，分別修築圓形、半月形、三角形、四方形樓堡，每次都是蓋了又拆、拆了又蓋，以致背部傷痕累累，腐肉膿血潰爛。以為可以求灌頂了，瑪爾巴還是拳打腳踢、鞭抽痛罵，無情轟了出去。密勒日巴委屈痛苦，企圖自殺，師母達媚瑪再三溫暖寬慰。瑪爾巴知道密勒日巴不違師命、難忍能忍，暗地裡心疼流淚。
就在再度企圖自殺的絕望時刻，瑪爾巴以密勒日巴為上賓，當眾宣布：「吾兒大力（密勒日巴），若能受九次大苦折磨，他將不再輪迴，即身成佛。現在未能如此，殘餘一點罪業，這全是達媚瑪婦人之仁所致。所幸嚴重罪業皆於八次大苦行和無數小苦行中根除清淨。今後，我要加持他、傳授灌頂、賜予最秘密的心要口訣，提供資糧，成就一切修行助緣！」密勒日巴歡喜痛哭。當夜，瑪爾巴為密勒日巴傳授居士戒和菩薩戒，法名是夢中那諾巴所賜：「密勒金剛幢」。
隔日，傳授上樂金剛灌頂，授予法名「喜金剛」(給巴多傑)。瑪爾巴說：「你是上師空行母帶給我的弟子，所以我喬裝耕田模樣迎接你。你把我給的酒喝光，把整片田耕完，這是你將領受口訣成為法器，達到圓滿覺悟之兆。你供養我四柄銅缽，表示你將成為我四大弟子之一。銅缽毫無破隙，表示你煩惱垢輕，身享「督摩」猛厲智火大暖樂之兆。以空缽供養，表示你未來修行，將受饑餓。為了使你後半生、以及你的弟子傳承具足廣大受用，又為使具根弟子，依口訣精要生起喜樂故，我將空缽盛滿酥油、燃起明燈。為令你聲譽遠播，我敲擊銅缽發出聲響。為淨除你的罪業，讓你艱苦修築息增懷誅的房子。把你從灌頂法會趕出去，以及不合情理諸事，你不起絲毫邪見，表示將來你的弟子和傳承，能具足信心、精進、智慧、慈悲等弟子應具之一切條件，且修行時，能離大貪執，具足忍辱精進；終究生起覺受證解，具足慈悲與加持力，成為圓滿具德上師。我此口授傳承將發揚光大，如月增長，璀璨光明！」
在一次祈夢中，密勒日巴夢見南瞻部洲北方雪山，四方四柱頂上各有瑞獸。瑪爾巴授記：「東柱雪獅，象徵楚敦旺給多傑。南柱老虎，象徵俄確固多傑。西柱大鵬，象徵梅通千波。北柱鷲鷹，象徵密勒日巴……汝父事業今將畢，汝等弘法時至矣；我年老邁語若驗，教法弘揚定可期！」並賜予聖物及相應法門，囑咐四柱大弟子廣度眾生。
密勒日巴遵奉師諭閉關。某日夢見老家頹壞，母親往生，妹妹流浪行乞，決定返鄉。臨別前夕，瑪爾巴心知父子重逢無期，依照那諾巴授記，將最珍貴法寶毫無保留傾瓶相授，並叮嚀：「若遇善根弟子，縱然窮無任何物質供養，也應傳授灌頂口訣、慈悲攝受，以弘揚佛法。至於像帝洛巴祖師給那諾巴尊者的諸多苦難，以及我給你的種種折磨，這些對今後那些下根器者，將毫無利益，所以過於嚴格的教導方法，不可再用。」
為了給心子密勒日巴送別，瑪爾巴在薈供上示現神變，化為喜金剛、上樂金剛、密集金剛等殊勝莊嚴。密勒日巴親見上師功德與諸佛無異，生起決定信心。惜別之際，瑪爾巴、達媚瑪、密勒日巴師徒三人心心相印、依依難捨，淚水縱橫。
遊子返鄉，果如夢中所見。等他的是，破爛老屋中的母親枯骨。兒時富貴榮華早已煙雲散盡，悲痛感傷之餘，深悟苦空無常，生起強烈的出離心，決定盡形壽為自利利他而修行。閉關多年，衣服破爛不堪。沒有食物，只吃蕁麻果腹，頭髮和皮膚因而變成綠色，瘦骨嶙峋。終究證悟佛果，利益攝受無量眾生。
弟子問：「您對瑪爾巴上師那樣虔敬，難忍能忍。得法之後，住山閉關勇猛精進。無論那一方面，我們都做不到啊！怕解脫不了輪迴，如何是好？」
尊者說：「不要失望，只要恆常思惟輪迴及三惡道之苦，精進心和求法心自然生起。學佛，第一要相信因果。若對空性能生起決定的信解，必可體認空性不離因果，即因果而顯空性。一切法的根本就是相信因果，努力斷惡修善，這是學佛最要緊的事。我最初並不懂空性，但堅信因果，知道自己造下嚴重惡業，將來會墮惡趣，心生恐懼，因此自然能做到對上師的虔誠信服，以及修行之刻苦精進……你們應多閱讀古德傳記，思惟輪迴之理，恆常記取人身難得、壽命無常而勤勉修行！……未來凡是聽聞我傳記的人，當獲無比大加持；僅僅聽聞我的名號，就能獲得解脫；只要憶念我，就能滿願！」
尊者八十四歲示寂。如亥母授記，密勒日巴有一位「如日」弟子（岡波巴），「如月」弟子（惹瓊巴），以及二十三位「如星」弟子。金鬘法嗣岡波巴。