瑪爾巴確吉羅卓誕生在西藏洛札富貴人家。瑪爾巴自幼聰慧，而秉性剛烈，十二歲遵父之命，依止導師學佛。又追隨卓彌大譯師學習梵文的直讀，和印度話的翻譯。三年精進，梵語文臻於熟練，奠定成為大譯師之基礎。
瑪爾巴決心遠赴印度求法，把大部份財產變換黃金，以利供養上師。在尼泊爾，依止那諾巴的兩位弟子基特巴與本達巴聞法、學習翻譯。這兩位上師建議瑪爾巴向那諾巴求法，並寫了推薦函引介。瑪爾巴在尼泊爾帕巴興袞停留三年之後，啟程前往那瀾陀寺，在普拉哈里拜見了那諾巴。
那諾巴傳授瑪爾巴喜金剛灌頂、《二品續》、《金剛帳續》、《桑布札續》等，瑪爾巴在一年內學習精通。又遵照那諾巴囑咐，從依喜寧波大師獲得密集金剛的教授，以及事、行、瑜伽三部密續的儀軌與全部實修。而後又遵那諾巴慈諭，到毒海洲去向咕咕利巴（寂賢大師），學習大幻化網密續。徒步半月路程，涉水越過劇毒海，在生死邊緣，遙呼那諾巴聖號，祈求救護而安然化險。而後在那諾巴慈允下，從梅紀巴尊者學習大手印。梅紀巴住在如火熾然的山上，路程艱險，瑪爾巴心想：「我為求法而來，雖死無怨！」毅然前往，梅紀巴授予全部大灌頂。
瑪爾巴又請求那諾巴傳授上樂金剛的灌頂與教授，以及本續注疏。又授予稱為「四大親語教授」的「那洛六法」，以及直指本心俱生妙智的大手印。瑪爾巴精進實修，生起殊勝證悟。
遊學尼泊爾印度，追隨那諾巴等諸多上師求法十二年後，瑪爾巴向那諾巴供養薈供輪，以及覺悟道歌，暫且返回西藏，並發願再次赴印。瑪爾巴所學博大精深，引起同行的譯師嫉妒，教唆他人將瑪爾巴九死一生、千辛萬苦取經所得珍貴法本全部丟入恆河。瑪爾巴痛苦萬分，但不發怒，以道歌勸誡之，強化再度赴印的決心。
第二次赴印，那諾巴傳授「喜金剛」廣軌中軌簡軌灌頂、《二觀察根本續》、《不共釋續空行母金剛帳》、《共同釋續桑布札注疏》及其口訣等。那諾巴囑咐：「應去拜見昔日其他諸上師，對以前已求得之法，嚴謹校正，俾使今後不生疑惑。昔日未得之法，今當求法為宜。」瑪爾巴於是前往拜見梅紀巴，求得密集灌頂與注疏、大手印明點續等法。又前往毒海岸邊拜見咕咕利巴，以及諸多上師，將過去已求得之法認真校正；未求之法，圓滿求得一切灌頂口傳教授。並將所得法本，全部翻譯寫下。那諾巴又傳授瑪爾巴印札菩提傳承的上樂金剛、薩拉哈之法寶等要訣。
這次瑪爾巴返回西藏前，那諾巴叮嚀他：「還有奪舍法和一些甚深口耳相傳之密訣，無論如何你還要再來印度一次！」回到洛札時，密勒日巴等大弟子前來依止，瑪爾巴佛行事業日益增盛。而在空行母敦促之下，年事已高的瑪爾巴，不顧弟子們勸阻，以不惜一死的決心，堅持履行對上師的承諾，第三次前往印度。路上巧遇阿底峽，瑪爾巴向阿底峽請求傳授吉祥金剛鬘法，並打聽那諾巴現況。阿底峽說：「那諾巴已經圓滿佛行事業而示寂。你與其到印度，不如做我的譯師，一起弘法利生。」那諾巴堅信必定可以見到上師，繼續前行。到了尼泊爾，從那諾巴兩位弟子處，獲悉上師確實已圓寂，瑪爾巴非常傷心。
至印度，見到師兄喜繞僧格：「你來遲了！上師那諾巴已在去年正月圓寂。示寂前，那諾巴說：『瑪爾巴一定會再來，把這對金剛鈴杵和喜金剛唐卡交給他。』鈴杵不幸被盜，喜金剛聖像我一直帶在身上，如今交付給你了。」瑪爾巴悲痛萬分，感動至極，大呼上師名號，痛哭流涕。喜饒僧格安慰他：「你和上師心心相印，必能相見，你就用準備的黃金，舉辦薈供祈禱吧！」瑪爾巴秉持對上師的堅強信念，辛苦奔波尋找八個月，超越生死的那諾巴終於示現眼前。瑪爾巴老淚縱橫，頂禮上師蓮足，喜極昏迷。
最後師徒兩人前往普拉哈里。那諾巴傳授瑪爾巴從來沒傳給任何人的最勝法要：上樂空行耳傳法。那諾巴說：「你昔日所得之法，盡是糟粕皮毛。此最為心要之殊勝教授，傳承未滿十三代之前，均係秘密單傳。你可將此傳給密勒日巴，他將大興佛教事業。……你前兩次來印度，授法時機尚未成熟，故未傳授。求法若不經歷苦難，則不能視法為稀有難得，不能敬重則不能修持。……今因緣齊備，故我吩咐空行護法敦促於你，你才能來到此地。為令傳承有攝受力故，所以不馬上與你相見，讓你飽受種種折磨。……」
那諾巴正式宣告瑪爾巴為法嗣，並授記：「你可執掌顯密的教證法門，特別是應當執掌金剛乘教證法門，發揚光大。你今生宗嗣雖將斷絕，然而法嗣將如長河滔滔不絕。將來你的所有傳承弟子，將如幼獅、如大鵬之子，青出於藍勝於藍，一個更比一個強！」
大譯師瑪爾巴至印度取經求法，第一次十二年、第二次六年、第三次三年，前後歷二十一年。其間依止那諾巴，住了十六年零七個月。瑪爾巴有名的四柱弟子：俄確固多傑（俄巴尊者）、梅通千波、楚敦旺給多傑、法嗣密勒日巴。