藻井是佛寺殿堂最高、最神聖之處。在如來殿大佛頂上的藻井，是以鑲崁密乘九座木雕壇城，作為如來殿最神聖莊嚴的象徵。

　　正中央是「佛與十六阿羅漢和合僧聚眾輪」，意在祈禱藏傳佛教在台灣日益興盛、僧俗四眾弟子和合。餘八座分別為「金剛亥母壇城」、「上樂金剛壇城」、「紅觀音壇城」、「密集金剛壇城」、「喜金剛壇城」、「文殊降閻魔壇城」、「大幻化網壇城」、「金剛手壇城」。

上樂金剛壇城                              文殊降閻魔壇城                                        喜金剛壇城              密集金剛壇城                         佛與十六阿羅漢和合僧聚眾輪                    紅觀音壇城                金剛手壇城                                   大幻化網壇城                                  金剛亥母壇城   （大佛頂嚴九座木雕壇城未箔金處理前的雕刻原貌）

四角有大鵬金翅鳥雄踞守衛

　　九座壇城作「井」字形分佈，每座壇城之間有三重立體方形邊框區隔。壇城圖樣本身，自外而內依序呈現「方圓漸次」的規律性，齊整而深邃，明麗而神秘。本尊居最裡層蓮瓣中，四周以各式捲草紋、瓔珞垂珠等繁複華麗的紋樣為莊嚴，四角有神龍蟠踞，精緻絕倫！此外共有三十六尊大鵬金翅鳥雄踞守衛。傳統中，只有受過本尊灌頂，方可瞻禮本尊壇城，戒律甚嚴。故壇城一直被祕密的保存下來，口耳相傳至今。

　　壇城四周邊框的垂直面，精雕「七佛」，共五百三十二尊佛環繞，諸佛端坐蓮臺，上有鑲嵌珍珠的傘蓋。水平面則雕鏤「雙龍法輪」圖樣：法輪有八幅，中有喜悅輪；左右擁護之龍身作波浪狀蟠踞，龍鬚昂揚、龍爪遒勁，栩栩如生，雲紋飄逸其間，更添氣韻生動之美。

垂直面，精雕「七佛」，共五百三十二尊佛環繞，諸佛端坐蓮臺，上有鑲嵌珍珠的傘蓋。 水平面雕鏤「雙龍法輪」圖樣：法輪有八幅，中有喜悅輪；左右擁護之龍身作波浪狀蟠踞，龍鬚昂揚、龍爪遒勁，栩栩如生，雲紋飄逸其間，更添氣韻生動之美。

中央「佛與十六阿羅漢和合僧聚眾輪」，意在祈禱藏傳佛教在台灣日益興盛、僧俗四眾弟子和合。

漢地建築傳統，原本為美化藻井，總極盡雕琢之能事。佛教東傳後，蓮花紋樣開始出現於藻井；後來敦煌、雲岡……等石窟的藻井，大量出現佛菩薩飛天等題材，凡此均見證了華梵文化融合的過程。而今本寺藻井，亦在前人基礎上展開更瑰麗不朽的突破，不僅對漢藏文化融合有所努力；之於佛教藝術史，亦堪稱為承先啟後的偉構鉅作！凡來寺參訪之仁波切喇嘛目睹這一方，皆直呼不可思議，因為西藏寺院，大佛頂嚴壇城多以彩繪為主，喇嘛修法亦有繪製沙壇城者，從未有實木雕刻問世。

　　從大殿一樓仰望，九座精雕細琢的木雕壇城，不但立體傳神、且有著溫潤細膩的特殊美感，在驚豔讚歎之餘，每引發令人寒毛豎立的感動，相當引人入勝。這是佛教之寶，更是台灣的傳奇。