大器雍容的山門，是尋訪淨土的入口。

　　這座牌坊式建築，以三層平台結構，代表佛教三乘法門。兩千五百多年前，佛陀因應諸多弟子不同的根器，開演了三乘法門：小乘、大乘、金剛乘。藏傳佛教總集三乘於一身，保存完整圓滿的佛法在西藏；而傳說，台灣是佛法的不壞之地，匯聚了三乘精華，或許這也是藏密在台發展的一大因緣。

 
內、外兩方橫幅石坊都是一題字、一留白，象徵「有」與「無」。

　　山門最頂端，象徵法輪常轉、普傳十方的金色法輪雙鹿，正在台灣的晴空麗日下閃耀燦爛。平台之間嵌有兩面橫幅石坊，外題「寶塔山」「噶瑪噶居寺」，內題「慧日東舉耀三千」；內、外兩方，都是一題字、一留白，象徵著「有」與「無」。從有入無、從無入有，是佛法心要。山門外，有無紛擾；進入山門，超越有無。此乃邁向生命精華之道。 山門平台邊緣以赭紅色為底，鑲飾白色圓點，這代表密續奧義的「智慧明點」，是藏傳佛教寺院特有的紋飾。神秘就從稀奇開始。

　　門，囚禁了身體，同時卻也釋放心靈於虛空。踏出山門將入紅塵，「回頭是岸」偌大的警語迎面而來，醒覺的力量，猶如醍醐灌頂。

　　開山上師有偈曰：「善來大德。來去自在。已來不來。已去不去。」常令遊訪者駐足……